当社はインドネシアに現地法人があり、当該現地法人が製造した部品の一部を日本本社に輸出しています。
その中で日本の品質基準だと不合格になってしまうものが一定数あります。
本来であれば、現地法人の費用で返品し、同量、修正あるいは再作成して輸出させるところですが、無駄が多いため、日本人数名を日本で現地法人が雇ったことにし、その者に検査と修正を行わせることにしました。
その者の給与は日本本社で立替払いをしています。その給与は、当然インドネシア現地法人が負担すべきものですので、立て替えた給与額をインドネシア現地法人に請求しています。
給与をインドネシア現地法人が負担しているので、源泉所得税や社会保険料を引く必要はないと考えて良いでしょうか？
【ご回答】
日本国は、日本の居住者が日本で稼得した所得について課税する権利を有しています。
この検査・修正を行う方が、日本親会社の従業員であろうとインドネシア現地法人の従業員であろうと変わりありません。この方達は、日本居住者であり、かつ日本国内で所得が発生していますので、日本親会社の従業員と同様に、源泉所得税を給与から天引きして納める必要があります。社会保険料に関しても同じです。
源泉税・社会保険とは関係ありませんが、検査および修正を日本国内で行っているため、日本国内に恒久的施設（PE）があるとみなされる可能性があります。もし、PEがあると認定された場合、日本で行っている仕事に関して課税される可能性がありますので、ご注意ください。
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